Автор: Джон Флитвуд , через Substack .
Масштабная, межведомственная работа по «прогнозированию» будущих характеристик патогенов, разработке вакцин «до возникновения необходимости» и созданию тех самых систем, которые предназначены для проверки этих прогнозов.
Агентство перспективных оборонных исследований (DARPA) в начале 2010-х годов занималось созданием, возможно, самой амбициозной инфраструктуры для прогнозирования разработки вакцин, когда-либо предпринятой: масштабной межведомственной инициативы, призванной определить будущие характеристики предполагаемых патогенов до их появления и в конечном итоге использовать эти прогнозы для разработки лекарств и вакцин до того, как они понадобятся.
Программа, известная как PROPHECY (сокращение от Pathogen Defeat — Победа над патогенами), была объявлена в 2010 году в рамках конкурсного объявления DARPA-BAA-10-93 и управлялась Управлением оборонных наук DARPA.
Само агентство DARPA недвусмысленно описало направленность программы на разработку вакцин.
Согласно заявлению агентства: «Программа «Пророчество» (Победа над патогенами) будет изучать эволюцию вирусов в надежде предсказать вирусные мутации и в конечном итоге разработать лекарства и вакцины до того, как в них возникнет необходимость».
Эти усилия не ограничивались коронавирусами, гриппом или какой-либо другой категорией заболеваний.
DARPA неоднократно заявляла, что цель состоит в понимании «естественной эволюции любого вируса».
В результате была создана масштабная архитектура, объединившая исследователей в области машинного обучения, статистиков, биоинформатиков, специалистов по вычислительной биологии, лабораторных ученых, специалистов по эпидемиологическому надзору, университеты, подрядчиков и национальные лаборатории в единую «прогностическую» систему.
Вчера этот веб-сайт сообщил , что программа DARPA PROPHECY расширилась до лаборатории исследователя коронавируса Ральфа Барика за годы до пандемии COVID-19 и почти за десятилетие до того, как в предложении DARPA/DEFUSE были задокументированы все три определяющие структурные особенности шипового белка SARS-CoV-2 до начала вспышки.
DARPA стремилась превратить разработку вакцин из реактивной в прогнозирующую.
DARPA открыто заявляла, что существующие методы разработки вакцин работают в обратном направлении.
Агентство охарактеризовало современную фармацевтическую модель как «наблюдательную и реактивную».
Целью проекта PROPHECY было заменить эту модель на модель, которая была бы «прогнозирующей и превентивной».
Вместо того чтобы ждать появления будущих предполагаемых угроз заболеваний, прежде чем начинать процесс их характеристики и разработки контрмер, DARPA стремилось создать системы, способные заранее определять характеристики будущих популяций патогенов.
Всё в книге «Пророчество» вытекало из этой цели.
Разработка плана действий до появления патогена
Амбиции DARPA простирались далеко за пределы прогнозирования вспышек заболеваний.
Агентство заявило: «DARPA стремится к достижению возможности успешно прогнозировать естественную эволюцию любого вируса с помощью платформ и алгоритмов, способных отслеживать редкие благоприятные вирусные события…»
В рамках программы разрабатывались системы, способные определять:
- будущие мутации,
- будущие реассортации,
- будущие генетические события,
- порядок возникновения мутаций,
- взаимосвязь генотипа и фенотипа,
- и, в конечном итоге, характеристики будущих популяций патогенов.
DARPA признала: «В настоящее время нет надежных средств для прогнозирования вирусной реассортации или мутаций, ответственных за появление новых вирусных штаммов».
Предложенное решение заключалось в следующем: «Исследовательская платформа для прогнозирования мутаций и, возможно, реассортаций до их возникновения».
Агентство далее пояснило, что цель проекта PROPHECY заключалась в разработке «прогностических алгоритмов вирусной эволюции, основанных на экспериментальных данных и подтвержденных с помощью высокопроизводительных биологических платформ…» и: «интеграции платформы вирусной эволюции с алгоритмом, предсказывающим мутации, которые обеспечивают эволюционное преимущество вирусной популяции».
В число формальных требований программы входила способность: «воспроизводимо прогнозировать геномные, протеомные и/или функциональные характеристики конечной вирусной популяции».
DARPA также стремилась определить: «скорость и порядок приобретения мутаций» , а также «корреляцию генотипа с фенотипом».
Целью были не просто отдельные мутации.
Речь шла о самой конечной популяции.
Предсказание было лишь первым слоем.
Пророчество никогда не задумывалось как нечто, ограничивающееся лишь предсказанием.
DARPA потребовала от участников создания так называемых «систем биологической валидации» и неоднократно подчеркивала необходимость «тестирования и проверки системы и алгоритма».
Ассоциация биотехнологий (BAA) дала участникам указание: «Провести тестирование алгоритма прогнозирования и системы биологической валидации в реальных условиях…»
Цель этого исследования состояла в том, чтобы определить, могут ли исследователи «воспроизводимо предсказывать геномные, протеомные и/или функциональные характеристики конечной вирусной популяции».
DARPA также поручила участникам: «разработать исследовательскую стратегию и привлечь к сотрудничеству партнеров», которые могли бы помочь в «применении их прогностической методологии к данным эпидемиологического надзора из реального мира».
Таким образом, архитектура, описанная в PROPHECY, выходит за рамки простого прогнозирования.
Целью программы было создание систем, способных не только генерировать будущие модели патогенов, но и пытаться подтвердить эти прогнозы экспериментально и с помощью последующих наблюдательных исследований.
Итог
На фоне дискуссий о COVID-19 общественное внимание сосредоточилось на таких программах, как DEFUSE, ADEPT, платформы для борьбы с пандемической мРНК и операция Warp Speed.
Однако исследование PROPHECY подтверждает, что к 2010 году DARPA открыто пыталась создать обобщенную прогностическую инфраструктуру, способную определять будущие характеристики предполагаемых патогенов, используя эти прогнозы для заблаговременной разработки лекарств и вакцин, а также создавая системы, предназначенные для экспериментальной проверки этих прогнозов и последующей проверки с помощью наблюдательных исследований.
Самое важное, что эти усилия никогда не были направлены на борьбу с каким-либо одним заболеванием.
Целью проекта PROPHECY было создание такой возможности для борьбы с «любым вирусом».
Независимо от того, рассматривается ли это как прогнозирующая биологическая защита, упреждающая геномика, разработка превентивных контрмер или что-то еще, описанная DARPA архитектура демонстрировала удивительно последовательную структуру:
- вакцины как цель;
- планы развития будущих патогенов как вспомогательная технология;
- Системы «валидации» как заключительный слой.
В конечном итоге, эта архитектура может оказаться одним из самых значимых и наименее изученных достижений в истории современных исследований в области биологической защиты.
Комментариев нет:
Отправить комментарий